Hoch über dem Rhein, am Unkelstein, beschloss der VdK (Verband der Kriegs- und Wehrdienstopfer) ein Erholungsheim für die Kriegsbeschädigten und Kriegshinterbliebenen zu bauen.

Das ausgewählte Grundstück befindet sich auf dem ältesten Basaltsteinbruch Europas. Hier wurde schon zur Römerzeit der berühmte "Unkelstein" gebrochen, der auch im Fundament des Kölner Domes Verwendung fand; benannt nach dem gegenüberliegenden Städtchen Unkel. Nach Ende des Basaltabbaus 1927 wurde der Steinbruch verfüllt.

Auf dem entstandenen Bergplateau wurde 1962 das erste Gebäude des heutigen "Hotel Haus Oberwinter" errichtet. Im Jahr 1964 öffnete das Erholungsheim zum ersten Mal seine Pforten unter dem Namen „Johannes-Junglas-Haus“.

1977 wurde das Gebäude durch einen Anbau vergrößert und durch ein Schwimmbad modernisiert. Nach mehr als 30 Jahren wurde der Auslastungsgrad jedoch so gering, dass 1996 die Einrichtung geschlossen werden musste. Ende 1998 begannen Sanierungen, Umbauten und Erweiterung des Gebäudes.

Ende September 2000, noch während der Bauarbeiten, wurde das Gebäude  unter dem Namen Hotel Haus Oberwinter wieder in Betrieb genommen. Am 09. Mai 2001 wurde das Hotel offiziell wiedereröffnet.

Im Januar 2009 wurde das Hotel Haus Oberwinter Mitglied der Hotelkooperation CPH Hotels und firmierte unter dem Markennamen Conference Partner Hotel Haus Oberwinter.

Nach umfangreichen Renovierungsarbeiten zwischen 2011 und 2014 wurden alle Zimmer, das Restaurant und der Bankettsaal „Wintergarten“ sowie die Tagungsräume und öffentlichen Bereiche modernisiert und auf einen zeitgemäßen Standard und die Bedürfnisse unserer Gäste gebracht.

Der bisher letzte Meilenstein Ende 2015 ist der Beitritt des Hotel zur Ringhotels Hotelkooperation, einer der größten Hotelmarken in Deutschland. Zu den Ringhotels gehören bekannte Namen, wie zum Beispiel das Rheinhotel Dreesen in Bonn-Bad Godesberg oder das Hotel Giffel's Goldener Anker in Bad Neuenahr.